از دیگر مساجد نائین، مسجد شیخ مغربی است. پژوهشگرانی که در مورد نائین بررسی‌هایی انجام داده‌اند به نام این مسجد اشاره کرده‌اند اما از تاریخ دقیق قدمت آن مطلب مهمی ننوشته‌اند. این مسجد در بازار نائین واقع شده است. بانی مسجد شیخ مغربی از عرفا و زهاد نائین بوده که به نوشته کتاب سیمای نائین، در گنبدخانه مسجد مدفون است به نوشته این کتاب بر سر در بقعه شیخ مغربی این بیت دیده می‌شود که شیخ مغربی از عارفین است مقام و مدفنش نائین زمین است. از جمله کسانی که در عمران و آبادی این مسجد خدماتی انجام داده‌اند فردی به نام سید حسن بوده که از فضلای مشهور نائین به شمار می‌رفته است.
