بنای اولیه این بنا مربوط به قرن‌های اولیه اسلامی است. ابن‌اسفندیار، در تاریخ طبرستان (اوایل قرن هفتم هجری) در خصوص مسجد جامع آمل نوشته: «مسجد جامع را به ایام هارون‌الرشید (1771 ه.ق) بنیاد افکندند. سید ظهیرالدین در تاریخ طبرستان و مازندران (اواخر قرن 9 هجری) می‌نویسد که بانی مسجد، شخصی مالکی مذهب بوده که بعدها نبیر‌ه‌های او از لار قصران برای تعمیر آن می‌آیند. نامبرده در جای دیگر، بانی مسجد را عبدالله‌بن‌قحطبه ذکر کرده است. بنای کنونی مسجد دارای صحنی مربع شکل است که در چهار جهت آن، بناهایی قرار دارد. این مسجد در دوره قاجار بازسازی و تعمیر شده‌است. در راهروی مسجد، لوحه‌ای سنگی متضمن فرمانی از شاه سلطان حسین صفوی و مورخ 1106 ه.ق نصب شده است.
