گوهرتپه از اواخر دوران نوسنگی یعنی حدود 6000 سال پیش به تدریج از حالت یک روستا خارج شده و در مسیر رشد و توسعه به صورت یک شهر با وسعت 50 هکتار در هزاره سوم ق.م یا 5000 سال پیش ظاهر گردید. از آن زمان تاکنون این شهر زیر خروارها خاک آرمیده بود تا چندی پیش کاوش‌های باستان‌شناسی پرده از اسرار این تپه تاریخی گشود.
پس از کاوش‌های فراوان در این محوطه بقایای آثار تاریخی مربوط به دوران مس سنگ و عصر مفرغ بدست آمده که توانسته است، اطلاعات زیادی درباره روند تغییر زندگی غارنشینی به شهرنشینی در حدود 5 هزار سال قبل از میلاد را برای باستان‌شناسان محقق کند. در کاوش‌های انجام شده در سایت موزه، پیکرک‌های سفالی از حیواناتی همچون گاو، اسب، لاک‌پشت، پرنده و همچنین اشیاء مفرغی، اشیاء تاریخی و ساختارهای معماری زندگی روستایی و شهری بدست آمده است که بیانگر تحول تدریجی در نوع و نحوه زندگی انسان‌های عصر برنز، مس و سنگ است.
