چشمه آبگرم مرتضی علی طبس دو بخش سرد و گرم دارد که به موازات یکدیگر جریان پیدا می‌کنند. به این معنی که یک سمت چشمه سرد و سمت دیگر آن گرم است و شما با قدم زدن در آن می‌توانید یک پای خود را در آب سرد چشمه و پای دیگرتان را در آب گرم فرو کنید. دلیل این اتفاق آن است که آب گرم چشمه از دیواره سمت راست به داخل رودخانه می‌ریزد و همین موضوع اختلاف دمایی را در چشمه ایجاد می‌کند که گاهی به ۱۰ درجه هم می‌رسد. غلظت بیشتر آب گرم و تفاوت ساختاری آن با آب سرد جاری در کف رودخانه باعث می‌شود این آب‌ها تا مسافت حدود سیصد متری بستر رودخانه هم پیش بروند، در حالی که به طور کامل با هم مخلوط نشده‌اند و در بستر رودخانه قابل تفکیک هستند.
